Если платежные документы в программе "1С:Бухгалтерия Предприятия, редакция 2.0" загружаются из клиент банка без НДС, необходимо проверить настройки текущего пользователя.
В настройки пользователя можно войти через верхнее меню программы "Сервис".
В настройках пользователя необходимо войти в папку "Основные значения для подстановки в документы и справочники" и проверить установлено ли значение "Основная ставка НДС".
Если значение "Основная ставка НДС" пустое, устанавливаем необходимую ставку НДС и теперь платежные документы для данного пользователя будут загружаться из клиент банка с установленной Вами ставкой НДС и с соответствующей этой ставке суммой НДС.